Inflamação transmural crônica que pode envolver qualquer parte do trato digestivo, da boca ao ânus, principalmente no íleo, ceco e cólon. Na doença de Crohn, a inflamação, que se estende através da parede intestinal da mucosa até a serosa, é caracteristicamente assimétrica e segmentar. Granulomas epitelioides podem ser observados em alguns pacientes.