O Arboretum é um Programa interinstitucional que reúne atores relacionados à pesquisa, à normatização e à extensão, em um ciclo que vai desde a coleta de sementes, produção de mudas e plantios para restauração e para uso sustentável de espécies florestais, numa estrutura de suporte técnico e logístico permanentemente vinculada às ações de campo.
O Programa, proposto pelo SERVIÇO FLORESTAL BRASILEIRO, com apoio do IBAMA, foi viabilizado por meio de um TAC pelo MINISTÉRIO PÚBLICO DO ESTADO DA BAHIA. O SERVIÇO FLORESTAL BRASILEIRO coordena técnica e executivamente o Programa. As Coordenações Administrativa-Financeira e Científica estão à cargo, respectivamente, da Fundação José Silveira e da Embrapa Tabuleiros Costeiros.
É gerido por um Conselho Gestor, composto pelo Serviço Florestal Brasileiro-MAPA, Jardim Botânico do Rio de Janeiro - Centro Nacional de Conservação da Flora, EMBRAPA - Tabuleiros Costeiros, Instituto Federal Baiano, Universidade do Estado da Bahia e Secretaria Estadual de Meio Ambiente e Recursos Hídricos da Bahia - SEMA. Cada instituição indica um ou mais técnicos/pesquisadores, ou professores, para participação ativa no Programa e indica suas linhas de ação prioritárias em parceria. O Ministério Público também acompanha e orienta diretamente a sua execução.